Догонят и добавят

Бизнес, применяющий льготы по страховым взносам как субъект МСП, все чаще сталкивается с претензиями налоговых органов: формальное соответствие критериям больше не спасает, если компания фактически встроена в крупный бизнес. IT-компании, утратившие статус резидента «Сколково», лишаются пониженной ставки по налогу на прибыль, несмотря на позицию Минфина, а экстерриториальность контроля окончательно меняет модель администрирования: проверять декларации теперь могут независимо от места учета. О том, как эти изменения влияют на налоговую безопасность, рассказывает управляющий партнер Tax Compliance Михаил Бегунов.

Выйти из полноэкранного режима

Развернуть на весь экран

Льгота для МСП под ударом

ФНС России в настоящее время реализует отраслевой проект, направленный на доначисление страховых взносов компаниям, применяющим пониженные тарифы как субъекты малого и среднего предпринимательства (МСП). Ранее, в конце 2022 года, объектом контроля выступали аптечные сети; в настоящее время фокус внимания инспекции сместился на организации розничной торговли.

В соответствии с пп. 17 п. 1 ст. 427 НК РФ субъекты МСП вправе применять пониженный тариф страховых взносов при условии включения в реестр субъектов МСП. Однако налоговый орган при проведении контрольных мероприятий исходит из того, что формальное соответствие критериям МСП не является достаточным основанием для применения льготы, если налогоплательщик фактически осуществляет деятельность в рамках крупного бизнеса, где присутствует группа компаний с единым центром принятия решений, например в виде управляющей компании.

В рамках предпроверочных мероприятий налоговый орган направляет налогоплательщикам уведомления о вызове для дачи пояснений, а также активно использует протоколы, посредством которых предлагает компаниям выявить и устранить допущенные нарушения в добровольном порядке. При отсутствии добровольного согласия компании с выявленными нарушениями и неустранении претензий на данном этапе налоговый орган в ряде случаев инициирует назначение выездной налоговой проверки, в ходе которой сумма доначислений может существенно возрасти за счет применения штрафных санкций.

Компаниям, применяющим пониженные тарифы страховых взносов как субъекты МСП, рекомендуется, учитывая высокий риск доначислений по результатам контрольных мероприятий, заблаговременно оценить структуру бизнеса и адаптировать ее к текущим изменениям.

Двойное дно IT-льгот

Налоговые органы последовательно оспаривают применение пониженной ставки по налогу на прибыль, предусмотренной для аккредитованных IT-компаний (п. 1.15 ст. 284 НК РФ), в отношении налогоплательщиков, утративших право на освобождение от налога как участники инновационного центра «Сколково» в течение 2024 года.

Ключевым документом, определившим подход ФНС России, является письмо от 20 октября 2025 года №СД-4–3/9400@ «О специальном порядке налогообложения прибыли для участников проекта «Сколково». Согласно данной позиции, если налогоплательщик в 2024 году превысил предельный размер прибыли (300 млн руб.), установленный для резидентов «Сколково», и утратил право на применение ставки 0% по п. 1 ст. 284 НК РФ с начала налогового периода, он не вправе в этом же периоде применять льготную ставку, установленную п. 1.15 ст. 284 НК РФ.

ФНС России указывает, что п. 5.1 ст. 284 НК РФ в таком случае предписывает исчислять налог по ставке, предусмотренной п. 1 ст. 284 НК РФ, то есть по общей ставке 20%, которая применялась в 2024 году. Данный подход расходится с ранее высказанной позицией Минфина России, допускавшей применение IT-льготы при соблюдении профильных критериев. Однако при проведении камеральных налоговых проверок за 2024 год инспекции руководствуются именно разъяснениями ФНС России от 2025 года.

Вышестоящие налоговые органы при рассмотрении жалоб налогоплательщиков на решения нижестоящих инспекций направляют формальные отказы, не вдаваясь в оценку доводов о праве на применение IT-льготы, и ограничиваются ссылкой на вышеуказанное письмо ФНС России. Фактически налоговые органы не рассматривают обстоятельства дела по существу, что вынуждает налогоплательщиков переходить к следующему этапу обжалования.

В связи с этим IT-компаниям рекомендуется пересмотреть свою деятельность с учетом текущих изменений и на данный момент сделать выбор в пользу одной из двух льгот — IT или «Сколково».

Контроль без привязки

Длительное время территориальный подход оставался основой налогового администрирования, проверки проводились по месту учета налогоплательщика. Однако в последние годы сформировались предпосылки к пересмотру этой модели: начиная с 2020 года экстерриториальный подход хотя и ограниченно, уже применялся на практике.

С 2026 года экстерриториальность получила законодательное закрепление и в камеральном контроле. Уполномоченный налоговый орган ФНС России вправе проверять декларации и расчеты независимо от места учета налогоплательщика, в том числе в другом субъекте Российской Федерации.

Таким образом, экстерриториальность трансформируется в полноценный принцип организации контроля, а система отказывается от географической привязки в пользу функциональной модели, основанной на специализации налоговых органов и централизованном распределении нагрузки. Указанный подход позволяет формировать центры экспертизы по сложным вопросам, повышать единообразие практики и снижать влияние локального фактора при сохранении дистанционного формата взаимодействия.

С сентября 2026 года планируется распространить экстерриториальный принцип на процедуры досудебного обжалования, что окажет влияние на порядок разрешения налоговых споров. Однако реализация нового подхода потребует особого внимания к процессуальным гарантиям: от прозрачности распределения полномочий и предсказуемости процедур будет зависеть баланс интересов государства и бизнеса.

Для налогоплательщиков внедрение экстерриториальности означает необходимость усиления внутреннего контроля, регламентации документооборота, мониторинга входящей корреспонденции по всем каналам, а также фиксации взаимодействия с уполномоченными инспекциями для своевременной защиты прав.

Таким образом, налоговое администрирование переходит на новый уровень: формальные критерии уступают место оценке реальной структуры бизнеса, а географическая привязка контроля заменяется функциональной экспертизой.

Компании, применявшие льготы МСП или IT-преференции, больше не могут полагаться только на формальное соответствие реестрам — налоговые органы последовательно оспаривают такие статусы, если за ними стоит крупный бизнес.

Параллельно экстерриториальность расширяет возможности ФНС по проведению проверок независимо от места учета, что требует от налогоплательщиков выстраивания системной работы с документацией и мониторинга взаимодействия с инспекциями.

В этих условиях ключевым становится не просто соблюдение формальных требований, а прозрачная структура бизнеса и готовность к оперативной защите своих интересов, включая досудебное обжалование. Те, кто заранее проанализирует риски и адаптирует внутренние процессы, смогут минимизировать последствия ужесточения контроля.